¿Cómo unir dos archivos de vídeo?
Si quereis unir dos archivos de vídeo similares, como por ejemplo dos episodios de Anatomía de Grey (ejemplo, los episodios dobles, que son uno en realidad pero salien como dos), es así de simple:

Abres el primero de los episodios con el VirtualDubMod. Puede que te pregunte lo siguiente: [...] Do you still want to rewrite the header?, a eso siempre hay que decirle que no, ya que si se da a que sí, se desincroniza el audio.
A continuación, vamos a File y Append segment. Seleccionamos el segundo episodio que queremos pegar al primero, y automáticamente se añade al final del vídeo. Una vez hecho esto, procedemos a guardar los cambios en File y Save As, asegurándonos que guardamos el vídeo en el modo de vídeo desplegable Direct Stream Copy.

Inconveniente: este método solamente funciona en vídeos de iguales características, tienen que tener el mismo codec de compresión de vídeo y audio, la misma resolución, el mismo framerate, la misma estructura de secuencias GOP, la misma frecuencia de audio, etc.
Si al seleccionar Append segment y ponerle el trozo nuevo nos da error, los archivos no son compatibles. Si te ocurre eso, y dependiendo del fallo que te de, ya es más complicado ya que hay que hacer cambios en el vídeo. Para esto, os recomendamos leer esta guía de cómo hacerlo:
Unir varios avi's: problemas